Das Programm zu Geschichte, Osteuropa oder Regionalem umfasst derzeit etwa 400 Titel, bestehend aus den Schwerpunkten Biografien, Städte, Länder, Kulturen und zahlreichen Büchern zu Bayern. Dazu gehört auch ein umfangreiches Programm zur Geschichte der Stadt Regensburg, dem Firmensitz des Verlages und seit Juli 2006 UNESCO-Welterbe. Ergänzt wird das Programm durch Wissenschaftliche Reihen und Zeitschriften. Seit 2010 erscheint im Verlag Friedrich Pustet die Zeitschrift Bayerische Archäologie sowie seit 2011 die Fachzeitschrift Ost-West. Europäische Perspektiven.

Schwerpunktthemen: 500 Jahre Bauernkrieg ♦ Bayerische Landesausstellung 2025: Ludwig I.